Formation

2008	Doctorat Microbiologie Université de Bretagne Occidentale, Brest, France
2003	DEA ASFEG Approches structurales fonctionnelles et évolutives des génomes Université Paris XI, Orsay, France
2002	Maîtrise de Biochimie Option microbiologie Université François Rabelais, Tours, France
2001	Licence de Biochimie Option bioinformatique Université François Rabelais, Tours, France
2000	DEUG Sciences de la Vie Université François Rabelais, Tours, France
1998	Baccalauréat S Option informatique Lycée Claude de France, Romorantin, France

MOOC

2017	Metagenomics applied to surveillance of pathogens and antimicrobial resistance Technical University of Denmark via coursera.
2016	Principles, Statistical and Computational Tools for Reproducible Science Harvard University via edx.
2014	Data Analysis for Genomics Massachusset Institut of Technologie, PH525X, via edx Notes de cours - exams
	Data Sciences University of Washington, via Coursera Notes de cours - exams
	Statistique avec R Université Paris-Sud, via France Université Numérique. Notes de cours - exams
2013	Computing Molecular Evolution Technical University of Denmark via coursera.
	Bioinformatics Algorithms University of California San Diego, via coursera.
	Computing Science and processing Université Paris-Sud, via France Université Numérique.

Expérience

Guidé par les interactions et transferts horizontaux, les communautés microbiennes et leur incroyable continuum d'intéractions nous plonge des tréfonds des abysses jusqu'à l'intérieur de notre corps.

Lorsqu'ils sont accessoires les gènes se promènent sur des navettes en forme de plasmides et autres virus. Ils peuvent être asservis durant la longue guerre/amour que ce livrent cellules et virus

Recherche

06.2015 01.2014
12.2017 07.2015	Sequençage de 384 génomes de Brucella: Evolution, Génotypage et épidémiologie Chercheur contractuel, projet sur fonds ANR ASTRID Maturation UMR ISP Infectiologie et Santé Publique, INRA/Université François Rabelais - Tours - France. Supervisors: M.Zygmunt & A. Cloeckaert
12.2017 07.2015	Synthèse wiki
06.2015 01.2014	Développeur Web & Bases de données Auto-entrepreneur
02.2013 06.2010	Whole genome sequencing and exploration of genomic diversity of 63 Borrelia burgdorferi sl isolates Chercheur contractuel, projet sur fonds européens FEDER Epia, UR INRA Clermont-Ferrand - France. Supervisors: G.Vourch & X. Bailly
02.2013 06.2010	Synthèse wiki
11.2008 10.2007	CRISPR detection in bacterial genomes ATER Temps plein, UBO : Université de Bretagne Occidentale, ESMISAB LM2E, UMR6197 IFREMER/UBO/CNRD Plouzané - France
11.2008 10.2007	Synthèse wiki
10.2007 11.2006	Abundance & genomic diversity of genetic elements of Thermococcales ATER Temps plein, UBO : Université de Bretagne Occidentale, Faculté des Sciences LM2E, UMR6197 IFREMER/UBO/CNRD Plouzané - France
10.2007 11.2006	Synthèse wiki
11.2006 10.2003	Abundance & genomic diversity of genetic elements of Thermococcales Doctorant en Microbiologie, bourse région Bretagne LM2E, UMR6197 IFREMER/UBO/CNRD Plouzané - France Supervisor: L.Segalat
11.2006 10.2003	Synthèse wiki
07.2003 01.2003	Transposition study of polymorphic Tc1 transposons in C. elegans Stage de DEA, génomique CGMC, UMR5534 - CNRS/Lyon1 Lyon- France. Supervisor: L.Segalat
07.2003 01.2003	Synthèse wiki
11.2002 12.2002	Inactivation of potentially mitochondrial based genes implyied in pathologies by RNAi in C. elegans Stage de DEA, génomique IGM, Université Paris XI - France. Supervisor: E.Culetto
11.2002 12.2002	Synthèse wiki
11.2006 10.2003	Comparative analysis of sequence similiraty versus structure deviation amongst protein families Stage de Maitrise, bioinformatics CEPR UMR1100, INSERM/Université François Rabelais - Tours - France. Supervisor: T. Moreau
11.2006 10.2003	Synthèse wiki

Publications

2022	Open Source CLinostat 3D BLANCHARD JP., GONNET M., CHARDRONNET E. BAILLY X. TURSIC M OpenSpaceMakers 2022
2019	The global distribution and evolutionary history of the pT26-2 archaeal plasmid family BADEL C., ERAUSO G., GOMEZ A., CATCHPOLE R, GONNET M., OBERTO J., FORTERRE P., DA CUNHA V. Environ Microbiol. 2019 Dec;21(12):4685-4705.doi: 10.1111/1462-2920.14800
2018	Genetic and Phenotypic Characterization of the Etiological Agent of Canine Orchiepididymitis Smooth Brucella sp. BCCN84.3 GUZMÁN-VERRI C., SUÁREZ-ESQUIVEL M., RUÍZ-VILLALOBOS N., ZYGMUNT MS., GONNET M., CAMPOS E., VÍQUEZ-RUIZ E., CHACÓN-DÍAZ C., ARAGÓN-ARANDA B., CONDE-ÁLVAREZ R., MORIYÓN, BLASCO JM., MUÑOZ PM, BAKERF KS., THOMSON NR., CLOECKAERT A., MORENO E. Front Vet Sci. 2019 Jun 7;6:175. doi: 10.3389/fvets.2019.00175
2017	Complete genome sequences of two Escherichia coli phages, vB_EcoM_ ESCO5 and vB_EcoM_ESCO13, which are related to phAPEC8. TROTEREAU A., GONNET M., VIARDOT A., LALMANACH AC., GUABIRABA R., CHANTELOUP NK., SCHOULER C. Genome Announc. 2017 Mar 30;5(13). pii: e01337-16. doi: 10.1128/genomeA.01337-16.
2016	A toxin antitoxin system promotes the maintenance of the IncA/C-mobilizable SGI1, Salmonella Genomic Island 1 HUGUET K., GONNET M., DOUBLET B., CLOECKAERT A. Sci Rep. 2016 Aug 31;6:32285. doi: 10.1038/srep32285
2014	Comparative population genomics of the Borrelia burgdorferi species complex reveals high degree of genetic isolation among species and underscores benefits and constraints to studying intra-specific epidemiological processes JACQUOT M., GONNET M., FERQUEL E., ABRIAL D., GASQUI P. SERTOUR N., DE GOER J., VOURC’H G., BAILLY X. Plos One, 9(4):e94384, doi:10.1371
2013	Insights into dynamics of mobile genetic elements in hyperthermophilic environments from five new Thermococcus plasmids KUPROVIC M., GONNET M., HANIA WB., FORTERRE P., ERAUSO G. PLoS One, 8(1):e49044, doi: 10.371
2011	pAMT11, a novel plasmid isolated from a Thermococcus sp. strain closely related to the virus-like integrated element TKV1 of Thermococcus kodakaraensis genome GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M. Research in microbiology, 162(2):132-43 Elsevier Ed, doi:10.1016
2009	CRISPRI: a CRISPR interactive database ROUSSEAU C., GONNET M., LE ROMANCER M., NICOLAS J. Bioinformatics, vol 25 n°24, p. 3317-3318, Oxford University Press, DOI:10.1093
2005	Deep Sea Thermococcales and their genetic elements: plasmids and viruses. PRIEUR D., ERAUSO G., FLAMENT D., GAILLARD M., GESLIN C., GONNET M., LE ROMANCER M., FORTERRE P. Methods in Microbiology, vol 35, Elsevier Ed, doi:10.1016

Communications

2016	15^th Medical Biodefense conference A novel Brucella species isolated from a dof in Costa Rica ZYGMUNT MS., GONNET M., SCHOLZ HC., VERGNAUD G., CLOECKAERT A. Bundeswehr Medical Academy, Munich, Germany, 26-29 april 2016
	FéRi, Fédération de recherche en infectiologie 2016 Caractérisation de coliphages et potentiel thérapeutique VIARDOT A., TROTEREAU A., MOREAU S., GONNET M., DREZEN JM., SCHOULER C. Bundeswehr Medical Academy, Munich, Germany, 26-29 april 2016
2013	8^ème Rencontres du REID Réseau Ecologie et Interactions Durables Population genomics of Borrelia burgdorferi sensu lato isolates GONNET M., PYTHON M., FERQUEL E., CLAUDE A.,GASQUI P., ABRIAL D., DE GOER J., VOURC’H G., BAILLY X. Sciences Agro, Bordeaux, France, 4-6 february 2013
2011	XI^th Animal Health days Population genomics of Borrelia burgdorferi sensu lato isolates GONNET M., ABRIAL D., FERQUEL E., GASQUI P., SERTOUR N., DE GOER J., VOURC’H G., BAILLY X. Azureva, Fréjus, France, 22-25 may 2011
2008	Genomics and Ecology of Aquatic Viruses Exploring the diversity of mobile genetic elements of deep-sea Thermococcales GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M. REX Marine Genomics, Banyuls-sur-mer, France, 11-13 february 2008
	Genomics and Ecology of Aquatic Viruses Diversity of mobile genetic elements of hyperthermophilic Archaea GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M. Institute of Biology, Bucarest, Romania, 18-19 september 2008
2007	Jacques Monod Conferences - Genomics Exploring the diversity of mobile genetic elements of deep-sea Thermococcales GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M. Station biologique, Roscoff, France, 9-13 june 2007
2006	International Marine Genomics conference Unexpected abundance and diversity of plasmids in deep-sea hyperthermophiles: a reservoir for novel gene families? GONNET M, ERAUSO G., LE ROMANCER M., PRIEUR D. REX Marine Genomics, Sorrento, Italie, 28 oct - 1 nov 2006
	Plasmid biology Unexpected abundance and diversity of plasmids in deep-sea hyperthermophiles: a reservoir for novel gene families? GONNET M, ERAUSO G., LE ROMANCER M., PRIEUR D. International Society of Plasmid Biology, Stanford Camp, Californie, 23-27 sept 2006
	6^th International Congress on Extremophiles Abundance and diversity of plasmids in deep-sea hyperthermophiles: a reservoir for novel gene families? GONNET M, ERAUSO G., LE ROMANCER M., PRIEUR D. International Society of Extremophiles, Brest, France, 17-21 sept 2006
	11^th International Symposium on Microbial Ecology Comparative genomic of plasmids from Thermoccocales GONNET M, ERAUSO G., LE ROMANCER M., PRIEUR D. International Society of Microbial Ecology, Vienne, Autriche, 20-25 august 2006
2005	Thermophiles 2005 Comparative genomic of plasmids of Thermococcales GONNET M., TOFFIN A., LE ROMANCER M., PRIEUR D., ERAUSO G. Griffith University, Gold Coast, Australie, 18-22 september 2005
2004	2^ème Colloque d'Ecologie Microbienne Génomique comparée de quatre plasmides de Thermococcales. GONNET M., ERAUSO G., LE ROMANCER M., CHEVEREAU M., PRIEUR D. Sociéte Française de Microbiologie, Obernai, France, 9-12 may 2005

A propos

Microbiologiste étudiant les génomes au moyen d'ordinateurs.

Du terrain au calculateur, en passant par la pipette.

Microbiologie

Les procaryotes, que ce soient Bactéries ou Archaea, sont la composante la plus importante du Vivant aussi bien par leur quantité, leur diversité ou implications dans les écosystèmes.

Au niveau de la biosphère, ils ont un rôle primordial dans la composition des océans et de l'atmosphère par leur implication dans les cycles géochimiques

Au niveau écologie, les bactéries sont une clé dans le processus de régulation des populations.

Les recherches actuelles montrent que l'ensemble des espèces, qu'elles soient animales, végétales ou bien insectes, vivent en fait en symbioses avec des communautés bactériennes. Bien que les humains aiment à se penser en tant qu'individus finis, ils abritent en dix et cent fois plus de micro-organismes qu'ils ne contiennent de cellules. Ce microbiote est considéré comme un véritable organe présentant un nombre gènes plus important que l'organisme qui l'héberge. De nombreuses clés de compréhension des espèces évoluées passe indubitablement par la connaissance de cette incroyable diversité
Génomique

La théorie de l'évolution implique une sélection des individus au sein d'un environnement vis-à-vis de son patrimoine héréditaire. Depuis l'avènement des techniques de biologie moléculaire, la génétique s'intéressant de manière ciblée à certains gènes laisse peu à peu place à une vision plus globale de l'ensemble des gènes.

Au delà de la vision fixiste des génomes qu'apporte la séquence, je porte un intérêt particulier pour leur fenêtre dynamique évolutive notamment par l'activité des éléments génétiques et de leur importance dans les transferts horizontaux.

Fasciné par la lecture du Gène égoïste de Dawkins, je me plais à considérer le gène comme un individu où le génome devient une communauté d'individus en interactions.
Bioinformatique

L'incroyable quantité de données générées par les différentes techniques, notamment celle de séquençages, font de l'ordinateur en nouvel outil central du biologiste. L'accroissement de la production de séquences est supérieur à celle de la puissance de ordinateurs (loi de Moore)

La construction de bases de données permet de l'accessibilité et la pérennité des données. Le traitement étant exploratoire et tributaire des hypothèses scientifiques, une pléthore d'outils sont agrégés par l'écriture de scripts python et bash dont la quintescence des résultats peut être tirée au moyen de scripts R.

Travaillant en équipe, la pérénité de ces données est partagée par l'intermédiaire d'interface web et autres wiki.

A ce titre, passioné d'internet et de développement depuis l'adolescence, j'exerce l'activité de développeur web freelance.

Actif dans le milieu de l'open-source et des fablabs, je suis également capable de dessiner et construire des systèmes de datalogging/processing basés sur différents types de microcontroleurs tels qu'Arduino

Mathieu Gonnet

Mathieu Gonnet

Formation

Doctorat Microbiologie

DEA ASFEG

Maîtrise de Biochimie

Licence de Biochimie

DEUG Sciences de la Vie

Baccalauréat S

MOOC

Metagenomics applied to surveillance of pathogens and antimicrobial resistance

Principles, Statistical and Computational Tools for Reproducible Science

Data Analysis for Genomics

Data Sciences

Statistique avec R

Computing Molecular Evolution

Bioinformatics Algorithms

Computing Science and processing

Expérience

Guidé par les interactions et transferts horizontaux, les communautés microbiennes et leur incroyable continuum d'intéractions nous plonge des tréfonds des abysses jusqu'à l'intérieur de notre corps.

Lorsqu'ils sont accessoires les gènes se promènent sur des navettes en forme de plasmides et autres virus. Ils peuvent être asservis durant la longue guerre/amour que ce livrent cellules et virus

Recherche

Sequençage de 384 génomes de Brucella: Evolution, Génotypage et épidémiologieChercheur contractuel, projet sur fonds ANR ASTRID MaturationUMR ISP Infectiologie et Santé Publique, INRA/Université François Rabelais - Tours - France. Supervisors: M.Zygmunt & A. Cloeckaert

Développeur Web & Bases de données

Whole genome sequencing and exploration of genomic diversity of 63 Borrelia burgdorferi sl isolates

CRISPR detection in bacterial genomes

Abundance & genomic diversity of genetic elements of Thermococcales

Abundance & genomic diversity of genetic elements of Thermococcales

Transposition study of polymorphic Tc1 transposons in C. elegans

Inactivation of potentially mitochondrial based genes implyied in pathologies by RNAi in C. elegans

Comparative analysis of sequence similiraty versus structure deviation amongst protein families

Publications

Open Source CLinostat 3D

BLANCHARD JP., GONNET M., CHARDRONNET E. BAILLY X. TURSIC M

The global distribution and evolutionary history of the pT26-2 archaeal plasmid family

BADEL C., ERAUSO G., GOMEZ A., CATCHPOLE R, GONNET M., OBERTO J., FORTERRE P., DA CUNHA V.

Genetic and Phenotypic Characterization of the Etiological Agent of Canine Orchiepididymitis Smooth Brucella sp. BCCN84.3

GUZMÁN-VERRI C., SUÁREZ-ESQUIVEL M., RUÍZ-VILLALOBOS N., ZYGMUNT MS., GONNET M., CAMPOS E., VÍQUEZ-RUIZ E., CHACÓN-DÍAZ C., ARAGÓN-ARANDA B., CONDE-ÁLVAREZ R., MORIYÓN, BLASCO JM., MUÑOZ PM, BAKERF KS., THOMSON NR., CLOECKAERT A., MORENO E.

Complete genome sequences of two Escherichia coli phages, vB_EcoM_ ESCO5 and vB_EcoM_ESCO13, which are related to phAPEC8.

TROTEREAU A., GONNET M., VIARDOT A., LALMANACH AC., GUABIRABA R., CHANTELOUP NK., SCHOULER C.

A toxin antitoxin system promotes the maintenance of the IncA/C-mobilizable SGI1, Salmonella Genomic Island 1

HUGUET K., GONNET M., DOUBLET B., CLOECKAERT A.

Comparative population genomics of the Borrelia burgdorferi species complex reveals high degree of genetic isolation among species and underscores benefits and constraints to studying intra-specific epidemiological processes

JACQUOT M., GONNET M., FERQUEL E., ABRIAL D., GASQUI P. SERTOUR N., DE GOER J., VOURC’H G., BAILLY X.

Insights into dynamics of mobile genetic elements in hyperthermophilic environments from five new Thermococcus plasmids

KUPROVIC M., GONNET M., HANIA WB., FORTERRE P., ERAUSO G.

pAMT11, a novel plasmid isolated from a Thermococcus sp. strain closely related to the virus-like integrated element TKV1 of Thermococcus kodakaraensis genome

GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M.

CRISPRI: a CRISPR interactive database

ROUSSEAU C., GONNET M., LE ROMANCER M., NICOLAS J.

Deep Sea Thermococcales and their genetic elements: plasmids and viruses.

PRIEUR D., ERAUSO G., FLAMENT D., GAILLARD M., GESLIN C., GONNET M., LE ROMANCER M., FORTERRE P.

Communications

15th Medical Biodefense conference

ZYGMUNT MS., GONNET M., SCHOLZ HC., VERGNAUD G., CLOECKAERT A.

Bundeswehr Medical Academy, Munich, Germany, 26-29 april 2016

FéRi, Fédération de recherche en infectiologie 2016

VIARDOT A., TROTEREAU A., MOREAU S., GONNET M., DREZEN JM., SCHOULER C.

Bundeswehr Medical Academy, Munich, Germany, 26-29 april 2016

8ème Rencontres du REID Réseau Ecologie et Interactions Durables

GONNET M., PYTHON M., FERQUEL E., CLAUDE A.,GASQUI P., ABRIAL D., DE GOER J., VOURC’H G., BAILLY X.

Sciences Agro, Bordeaux, France, 4-6 february 2013

XIth Animal Health days

GONNET M., ABRIAL D., FERQUEL E., GASQUI P., SERTOUR N., DE GOER J., VOURC’H G., BAILLY X.

Azureva, Fréjus, France, 22-25 may 2011

Genomics and Ecology of Aquatic Viruses

GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M.

REX Marine Genomics, Banyuls-sur-mer, France, 11-13 february 2008

Genomics and Ecology of Aquatic Viruses

GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M.

Institute of Biology, Bucarest, Romania, 18-19 september 2008

Jacques Monod Conferences - Genomics

GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M.

Station biologique, Roscoff, France, 9-13 june 2007

International Marine Genomics conference

GONNET M, ERAUSO G., LE ROMANCER M., PRIEUR D.

REX Marine Genomics, Sorrento, Italie, 28 oct - 1 nov 2006

Plasmid biology

GONNET M, ERAUSO G., LE ROMANCER M., PRIEUR D.

International Society of Plasmid Biology, Stanford Camp, Californie, 23-27 sept 2006

Sequençage de 384 génomes de Brucella: Evolution, Génotypage et épidémiologie
Chercheur contractuel, projet sur fonds ANR ASTRID Maturation
UMR ISP Infectiologie et Santé Publique, INRA/Université François Rabelais - Tours - France.
Supervisors: M.Zygmunt & A. Cloeckaert

15^th Medical Biodefense conference

8^ème Rencontres du REID Réseau Ecologie et Interactions Durables

XI^th Animal Health days

6^th International Congress on Extremophiles

11^th International Symposium on Microbial Ecology

2^ème Colloque d'Ecologie Microbienne